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自动化电泳，从未如此简单

2020-04-14

对样本的质控是确保下游实验成功的必要环节，尤其是NGS测序、微阵列芯片等一些后续成本较高的实验。

分子生物学实验室日常的样本质控除了浓度、纯度质控外，还包括对核酸完整性的质控。更常规的做法就是跑琼脂糖凝胶电泳，通过电泳图观察基因组是否降解、RNA是否降解、片段分布是否在合适的范围······但是手工跑胶，一方面制胶、跑胶流程繁琐费时，另一方面主观的对样本降解与否或片段分布的判断无法给出统一的、可重复的评判标准。而自动化电泳设备的出现很好的解决了这些问题。

Agilent 4150/4200 TapeStation自动化电泳系统采用全自动样品处理和ScreenTape预制胶技术，让您实现更简单、快速的DNA或RNA自动化电泳。

简单、快速、节省样品

选择合适的ScreenTape胶条，将样品（放置于8连管或96孔板中）、胶条放进仪器，点击运行，之后的所有的移液、加样、检测工作均由系统自动完成。仅需1~2ul样品，仅需1~2分钟时间即可获得一个样品的结果。连续自动完成16个样品的检测仅需20分钟，连续自动完成96个样品的检测仅需90分钟。

通量灵活，无交叉污染

4150 TapeStation系统可实现1-16个范围内任意数量的样本的自动检测，而4200 TapeStation系统可实现1-96个范围内任意数量的样本的自动检测。

每个即开即用型的ScreenTape 胶条都包含 16 条泳道，运行时每个样品均在单独的泳道内进行分析，无交叉污染风险。仅使用了部分泳道的 ScreenTape 胶条还可以在后续继续使用。因此，每个样品的成本是固定的。

丰富的数据结果

Agilent 4150/4200 TapeStation系统获得的结果不仅仅是凝胶图，还有模拟的峰图，方便您更直观的查看片段的分布。同时还可以给出分子量、质量浓度、摩尔浓度等数字信息。

标准化的质控指标

除此之外，Agilent 4150/4200 TapeStation系统软件有独特的算法，还可以提供针对RNA、DNA的完整性质控的标准，包括RNA完整值当量（RINe）和DNA完整值（DIN）。

针对RNA的完整性质控——RINe

RINe采用专门的算法，用于评估真核生物总RNA的完整性，其数值范围为1-10，数字越大代表RNA越完整。

四个不同降解程度的RNA样品（300ng/uL），在4150 TapeStation系统上采用RNA ScreenTape assay进行检测，每个样品做三个重复，用RINe来评估RNA的不同降解程度。结果显示，同一样品的三个重复其RINe非常接近（图1），且片段分布也非常一致（如图2），表明用RINe来评估RNA的完整性具有很好的重复性。

图1

图2

我们都知道Agilent 2100生物分析仪所提供的RNA完整性指数即RIN值是业界公认的对RNA完整性进行质控的标准。那RINe与RIN比，表现如何呢？

针对不同降解程度的大鼠肾总RNA（代表真核生物）和E.coli总RNA（代表原核生物），分别采用RNA标准检测试剂盒（A）和高灵敏度检测试剂盒（C）在Agilent 4150 TapeStation系统和2100生物分析仪上运行。结果显示，无论是哪种试剂盒，RINe和RIN都表现出较高的线性相关性（如图3）。

图3

TapeStation：大鼠肾总RNA，n=12；E.coli总RNA，n=6。2100：大鼠肾总RNA，n=6；E.coli总RNA，n=6

针对gDNA的完整性质控——DIN

为了客观的评估gDNA的完整性，基于对约7000种不同真核来源的gDNA样品（包括血样、干血斑、唾液、无脊椎动物、不同的人类组织和FFPE样本等）的分析，Agilent在可检测长达60kb的Genomic DNA ScreenTape assay上开发了一种软件算法，这种算法可以可靠、重复的实现对DNA完整性的数值评估，表示为DNA完整值 (DIN)，DIN的范围为1~10，数值越大代表基因组越完整。

针对四个不同降解程度的gDNA样品（30ng/uL），采用Genomic DNA ScreenTape assay在Agilent 4150 TapeStation系统上进行检测，每个样品做三个重复，用DIN来评估gDNA的不同降解程度。结果显示，同一样品的三个重复其DIN值非常接近（如图4），其片段分布也非常一致（如图5），表明用DIN来评估DNA的完整性具有很好的重复性。

图4

图5

将三个不同降解程度的gDNA样品分别稀释成六个浓度梯度（5ng/uL，10ng/uL，30ng/uL，60ng/uL，100ng/uL，300ng/uL），采用Genomic DNA ScreenTape assay在Agilent TapeStation系统上检测其DIN，每个梯度做10~15次重复。结果显示，同一样品在六个浓度梯度下检测其DIN都非常接近，且同一浓度梯度的样品做10~15次重复检测其DIN偏差都很小（如图6），表明DIN在很宽的样品浓度范围以及不同的降解程度时都有很好的重复性。

图6

除了针对RNA和gDNA的质控，4150/4200 TapeStation系统还可以针对cfDNA进行质控，给出cfDNA在整个DNA样品中的百分比。欲了解详细信息，敬请期待：“cfDNA样本质控，从未如此简单”。

基因有限公司作为Agilent自动化电泳产品的全线代理商，为您提供基于预制胶、微流控芯片和毛细管三种不同电泳方式的更全面、更灵活的自动化电泳解决方案。