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无需Carrier RNA的游离核酸（cfDNA）提取方式 ——减少PCR过程中的抑制作用

2019-08-02

cfDNA(cell-free DNA) 是肿瘤和产前诊断研究中，被证实有用的标记物。但cfDNA在体液中的含量非常低，通常含量在0.10ng-100ng/mL血浆。为了提高单位血浆中游离核酸的得率，一般的游离核酸抽提试剂盒会加入carrier RNA，并随游离核酸一起洗脱到核酸样本中。因此，利用此试剂盒抽提取的核酸包含了游离核酸和carrier RNA。

Carrier RNA (poly(-A) RNA): poly(A) 钾盐，来源于ADP多核苷酸磷酸化酶处理，一般长度为几百到几千bp，是长度不等的核酸片段。

优点:

针对微量样本提取核酸时，Carrier RNA 提高核酸与柱膜的结合能力，帮助高效回收核酸。

弊端:

1. 通过吸光光度测定方法来定量，很难将其区分开，导致核酸定量的不准确,需要使用荧光测定法。

2. Carrier RNA的存在可能对PCR有抑制作用，尤其是数字PCR。需要优化PCR方案，找到更优的Carrier RNA使用量。

——论Carrier RNA

如何在不加入Carrier RNA的前提下，也能分离纯化到满足定量PCR、NGS、数字PCR等下游应用的游离核酸?

NucleoSnap® DNA Plasma

NucleoSnap® DNA Plasma 采用真空抽滤的方法，在真空抽滤装置上，可同时提取24个1-10mL血清、血浆、尿液等样本, 结合&洗涤过程无需使用离心机。提取到的游离核酸可用于NGS, qPCR, 数字PCR等检测手段。

优势:

1. 抽提速度快,仅需要45min

2. 无需carrier RNA

应用数据

5mL EDTA血浆中纯化cfDNA

NucleoSnap® DNA Plasma kit 和竞争对手(Competitor Q)比较结果

从Cell-Free DNA BCT® (Streck)提取cfDNA

3个不同Cell-free DNA BCT® 保存的样品，分别使用 NucleoSnap® DNA Plasma (MN) 和a vacuum-processed kit of a competitor (Q)提取cfDNA.使用Bioanalyzer™ 2100 with a High Sensitivity DNA Kit (Agilent)检测,分离到的游离核酸在170bp附近有典型的峰（箭头标记）

10mL尿液中分离cfDNA电泳图
抽提的cfDNA使用 Bioanalyzer™ 2100 with a High Sensitivity DNA Kit (Agilent)分析，在170bp附近有典型的片段分布

试剂盒原理和使用流程

NucleoSnap® (Snap-off columns) principle

NucleoSnap® DNA Plasma procedure

基因有限公司作为MACHEREY-NAGEL的全国一级代理，可为您提供针对不同类型样本，例如血液、组织细胞、植物、真菌、土壤、粪便等的DNA和RNA核酸抽提解决方案。详细产品资料可留言或联系身边基因人。