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来自马里兰大学基因组学中心的Sequel II使用体验

2019-07-10

PacBio Sequel II 的首批客户为参加Sequel II测序仪早期测试的5家客户。今天，我们分享下首批用户之一来自University of Maryland Institute for Genome Sciences（PacBio认证服务提供商）的科学家Luke Tallon使用体验。

他们在Sequel II新测序系统上测试了32个SMRT Cell测序芯片，开展一系列应用中对新机型进行了测试。采用CLR（continuous long-read）测序模式对人，植物，昆虫和细菌进行连续长读取测序; 采用HiFi测序模式对人类，微生物组和其他样品进行测试。Tallon报告说，每个测序芯片在Sequel II测序系统上进行CRL测试产出约92 Gb; 采用HiFi模式读取，平均产出约260 Gb。与Sequel系统相比，通量增加10倍以上。

微生物应用

Tallon分享了他的实验室使用Sequel II新测序系统在微生物应用的经验。

微生物基因组组装

首先，他们分享了16种微生物基因组大小总计约80 Mb采用1张SMRT Cell 8M测序芯片的混样测序结果，产生215 Gb的数据，从而实现高质量的组装。16条微生物染色体中的12条被组装成单个Contig，且组装的完整性达到99.9％以上。Tallon认为有了Sequel II系统，他们肯定能够实现比这更深度的多重分析。

宏基因组16S 核糖体扩增子检测

接下来，他提供了全长16S扩增子测序的数据。与传统的用短读长测序对16S扩增子分析相比，16S扩增子的全长分析提供了更精确的分类信息。使用HiFi测序模式，Tallon的团队运行了两组96重的16S扩增子文库，包括模拟菌落（mock communities）和婴儿肠道样本。得到的数据质量高达Q80，且3’端没有降解。在拆分数据后，研究人员发现每个样本平均有大约12,000条HiFi序列，这些序列可实现物种甚至亚种水平的鉴定。

宏基因组鸟枪法测序

更后，Tallon展示了五个阴道微生物组样品的宏基因组鸟枪法测序结果，目的是组装完整的基因组。Tallon报告说：“尽管起始材料有限且宿主污染严重，我们仍然能够组装完整的基因组。包括以前没有参考基因组的无法培养的细菌菌株BVAB1”。BVAB1是一种存在于女性生殖道中的梭菌，以往没有参考基因组。

报告视频

总

结

PacBio SMRT测序技术具有测序读长长、准确度高、单分子检测全基因组覆盖等技术优势，可以解决传统短读长测序技术的局限性。无数的应用实例证明，SMRT测序技术已经成为现如今更有效、更可信的长读长测序技术。在微生物测序领域，PacBio SMRT测序已经成为了测序技术中的标杆。

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基因有限公司作为PacBio公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将PacBio第三代单分子实时测序技术引入国内，一直为国内用户提供专业的三代测序系统的安装培训，技术支持，应用培训与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的PacBio用户。