空间转录组学使得可视化观察组织中的基因表达成为可能，激光显微切割在空间转录组学研究中如何发挥不可替代的作用，请看下文。

故事是这样的～

就在昨天，Boss给我看了一张图：

       我心想，仁慈的老板这是提醒我们天气炎热，要注意防暑？老板太体贴了/::B

这两天见面就是“熟人”，出门就是“暖男”

不如呆在实验室吹空调，心情美美哒！

刚准备感念Boss大恩大德，给我们提供如此凉爽的实（避）验（暑）环（胜）境（地）。老板接下来一句话着实让我倒吸一口凉气～～

老板说：“你的RNA-seq图得作成这样。”

嗯，很坚定而且淡定。

确认过语气，不是说着玩玩的。

于是乎，

积极乐观如我，开始各种求助大神和文献，结论都是“理想很丰满，现实很骨感”。

这意味着什么？没有图就意味着没有SCI，没有SCI就毕不了业，就找不到工作，就找不到对象… …总之后果很严重。

下  面  是  转  折

天无绝人之路，正当我感到未来一片漆黑之时。一张图的出现，像灯塔一般照亮了我前进的方向。

就是下面这张图

Figure 1 | Examples of Geo-seq results showing high spatial resolution of gene expression pattern (displayed as corn plots) in the mid-gastrula-stage mouse embryo (corresponding to Step 77). (a) Upper panel: corn plot of the distribution of transcripts of Sall2, Utf1 and Uch1 in the anterior epiblast; lower panel: corresponding WISH images. (b) Upper panel: corn plot of the distribution of transcripts Sp5 and Ccnd2 in the posterior epiblast; lower panel: corresponding WISH images. Scale bars, 200 m. 

上图出自中国科学院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾课题组2017年在《Nature Protocols》发表的一篇文献。研究人员通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术，构建了一种能够获得、同时保留细胞原有位置信息的测序方法：Geo-seq。Geo-seq是一种高效、高分辨率的空间转录组分析方案，既可用于转录图谱的三维重建，也可以用于研究具有特殊结构的少量组织或细胞的转录组信息。利用Geo-seq技术，这一课题组绘制了小鼠早期胚胎原肠运动中期的三维分子图谱，并揭示了小鼠细胞谱系蓝图建立过程中的空间转录组特征、转录因子和信号通路调控网络。

文中提到，选择激光显微切割系统很关键。一方面要考虑所使用的激光强度，激光光束太弱切割不易成功，太强容易破坏组织中的RNA完整性。另一方面要考虑收集方式，因为切割下来的目的组织太小，不易收集。MMI提供了更合适的激光显微切割系统，具有更高的切割效率和收集成功率。

文中还提到，早在2014年，瑞典科学家就将激光显微切割技术和RNA-seq相结合，绘制了小鼠内侧神经节隆起的2D转录组图谱（下图）。

Figure 2  Topographical expression map of the medial ganglionic eminence. (A-C) Representative pictures of the area chosen for laser microdissection (wild type shown: (A) precut; (B) postcut; (C) magnification of insert in (B). LGE, lateral ganglionic eminence; MGE, medial ganglionic eminence. Scale bars represent 200 μm. (D) Topographical expression map of different genes within the MGE (wild type shown; expression level given in reads per million). 

由此可见，空间转录组学使得可视化观察组织中的基因表达成为可能。激光显微切割技术则是研究空间转录组学的一大利器，直接切割目的位置的组织，继而进行RNA-Seq，获得更原始、更真实的空间转录组数据。

进一步了解一下文献中使用的MMI激光显微切割系统，发现这简直是单细胞获取神器啊。

MMI激光显微切割系统获取样本的技术路线如下：

MMI激光显微切割不仅可以轻松从组织切片上获得单一细胞，采用的套皿方法还能实现贴壁细胞活细胞切割。

从悬浮细胞中获取单细胞，则可以使用MMI单细胞挑选系统来实现。挑选出来的单细胞可以继续培养或用于下游检测。

有了MMI，我看到未来在冲我微笑，SCI在冲我招手。不说了，我要去用MMI激光显微切割了。

参考文献：

Zechel et al. Topographical transcriptome mapping of the mouse medial ganglionic eminence by spatially resolved RNA-seq. Genome Biology 2014, 15:486 

Naihe Jing et al. Spatial transcriptomic analysis of cryosectioned tissue samples with Geo-seq. Nature Protocols 2017,12:566